Operasi pineal, dalam beberapa kasus, juga dapat menimbulkan gejala sisa. Gejala sisa yang paling umum adalah hidrosefalus. Terdapat risiko perdarahan selama proses pengangkatan, yang menghalangi sirkulasi normal cairan serebrospinal, yang mengakibatkan hidrosefalus akut dan perlunya operasi ulang. Pada kasus infeksi intrakranial, pembedahan intrakranial sering kali memerlukan penempatan saluran pembuangan, yang bersifat invasif dan dapat dengan mudah menyebabkan infeksi intrakranial dan kerusakan pada saraf dan pembuluh darah, terutama pembuluh darah otak bagian dalam dan pembuluh darah otak besar, yang dapat menyebabkan kebisuan, yaitu tidak dapat berbicara. Pada kasus lain, kerusakan disebabkan oleh tarikan pada lobus oksipital, yang mengarah pada pembentukan hemianopia isotropik. Yang lainnya dapat menyebabkan epilepsi karena jaringan yang berbeda yang diangkat, sehingga penting untuk mengetahui komplikasi yang terkait.