Kelenjar pineal terletak jauh di bagian tengah otak, di belakang ventrikel ketiga. Kelenjar ini dikelilingi oleh pembuluh darah dan saraf yang padat, sehingga operasi ini berisiko. Pendekatan pembedahan biasanya adalah pendekatan supra-serebelar suboksipital, karena merupakan pendekatan yang paling dekat dengan daerah pineal. Pasien ditempatkan dalam posisi tengkurap, kulit kepala diiris, flap tulang oksipital digiling, dura dipotong, lobus oksipital ditarik dan tirai serebelum dipotong, dan kelenjar pineal dieksplorasi di bagian otak yang lebih dalam. Vena serebral besar dan vena serebral internal harus dilindungi selama pembedahan untuk mencegah perdarahan yang mengancam jiwa.