Efek samping utama metotreksat adalah: i. Reaksi saluran cerna, terutama stomatitis, sariawan pada mulut dan bibir, faringitis, mual, muntah, gastritis, dan diare. Kedua, penekanan sumsum tulang, terutama dimanifestasikan sebagai penurunan sel darah putih, juga memiliki efek tertentu pada trombosit, dan pada kasus yang parah, dapat terjadi penurunan darah lengkap, kulit, atau perdarahan visceral. Ketiga, sejumlah besar aplikasi satu kali, dapat menyebabkan peningkatan ALT serum dan hepatitis obat dan obat lainnya; sejumlah kecil aplikasi yang terus-menerus, dapat menyebabkan sirosis hati. Keempat, kerusakan ginjal, umum terjadi pada dosis tinggi, hematuria, proteinuria, oliguria, uremia dan sebagainya. Kelima, alopesia, dermatitis, hiperpigmentasi, dan pneumonitis obat. Keenam, penggunaan pada awal kehamilan, dapat menyebabkan teratogenesis. Beberapa pasien mengalami keterlambatan menstruasi dan hipogonadisme.