Metotreksat termasuk dalam jenis obat kemoterapi, efek sampingnya termasuk efek pada sistem darah, mungkin ada penurunan sel darah putih dan trombosit, pasien dapat mengalami anemia, dan perdarahan dan sepsis juga dapat terjadi. Ada juga reaksi merugikan gastrointestinal, setelah penggunaan mual, muntah, kehilangan nafsu makan, dan beberapa pasien bahkan dapat mengalami tukak lambung. Ada juga kerusakan fungsi hati dan ginjal, setelah penggunaan, fungsi hati dapat terganggu, dimanifestasikan sebagai peningkatan transaminase, tetapi juga dapat dimanifestasikan sebagai gangguan fungsi ginjal, oliguria, atau bahkan gangguan elektrolit, sistitis, dan sebagainya. Beberapa pasien wanita mungkin mengalami reaksi merugikan lainnya seperti gangguan menstruasi, ruam kulit, dll. Reaksi merugikan spesifik dan efek samping dapat bervariasi sesuai dengan kondisi fisik pasien.