Lamanya hidup pasien dengan penyakit Crohn tidak dapat ditentukan sepenuhnya dan bisa panjang atau pendek. Lamanya hidup pada penyakit Crohn sangat tergantung pada apakah kanker terjadi atau tidak, dan jika terjadi perlahan-lahan, pasien dapat hidup lebih lama. Selain itu, harapan hidup pasien dengan penyakit Crohn juga terkait dengan adanya komplikasi serius, seperti perforasi akut atau obstruksi usus akut, atau berbagai kondisi seperti perdarahan atau infeksi intra-abdominal yang parah, yang dapat menyebabkan harapan hidup lebih pendek.