Diferensiasi klinis yang paling sulit antara penyakit Crohn dan tuberkulosis usus adalah tuberkulosis ileum. Situs yang paling umum untuk pengembangan penyakit Crohn adalah daerah ileocecal dan usus kecil. Meskipun seluruh usus dapat terpengaruh, daerah ileocecal dan usus kecil adalah situs yang paling umum untuk pengembangan penyakit Crohn. Namun, ini juga merupakan daerah di mana tuberkulosis usus paling mungkin terjadi.1 Juga di daerah ileocecal dan usus kecil, di mana jaringan limfoid berlimpah, tuberkulosis paling mungkin terjadi. Inilah saatnya untuk membedakannya dari tuberkulosis usus. TBC usus biasanya memiliki riwayat TBC, atau ada TBC dalam keluarga, atau ada lesi di paru-paru. Patologi tuberkulosis usus biasanya positif untuk Mycobacterium tuberculosis dan patologinya tampak seperti granuloma kaseosa, sedangkan penyakit Crohn usus adalah granuloma non-kaseosa. Hal ini dapat dibedakan dari penyakit Crohn dengan poin-poin ini.2 Hal ini juga dapat dibedakan dari leukoencephalopathy, yang sebenarnya merupakan lesi pada pembuluh darah usus dan juga dapat muncul sebagai ulkus di daerah ileocecal. Selain ulkus di saluran usus, ulkus berulang di rongga mulut dan bahkan ulkus anal dapat terjadi, yang juga merupakan indikasi untuk diferensiasi.3. Limfoma usus juga harus dibedakan dari penyakit Crohn.4. Penyakit infeksi pada saluran usus, seperti schistosomiasis atau amebiasis, enteropati iskemik, atau penyakit usus menular seperti infeksi jamur atau virus, juga harus dibedakan.