Pada akhir abad ke-19, sebagian besar cendekiawan percaya bahwa fenomena imunitas hanyalah respons defensif tubuh terhadap invasi agen infeksi eksternal, dan bahwa tubuh tidak menghasilkan antibodi terhadap komponen jaringannya sendiri, yang disebut toleransi kekebalan. Dengan perkembangan imunologi, konsep antigen dan antibodi telah dikembangkan dan disempurnakan, dan pandangan modern adalah bahwa toleransi autoimun bersifat relatif. Fenomena ini harus dianggap sebagai respons fisiologis tubuh yang normal. Hanya mereka yang regulasi kekebalan tubuhnya terganggu, menyebabkan reaksi autoimun yang tidak terkendali dan berlebihan, yang mengakibatkan kerusakan dan disfungsi organik, yang disebut penyakit autoimun. Pengobatan saat ini untuk berbagai macam penyakit autoimun mencakup penggunaan sistematis obat anti-infeksi, obat imunosupresif dan imunomodulator yang efektif (yaitu, steroid dan protein penghambat yang menghalangi aksi sitokin inflamasi). Namun demikian, selain memiliki efek yang kuat pada respons kekebalan tubuh yang normal, perawatan ini dalam beberapa kasus gagal melindungi pasien dari kambuhnya kembali penyakit ini. Dalam beberapa tahun terakhir, para ahli telah mengeksplorasi bagaimana sel punca dapat digunakan untuk mengobati kelainan autoimun. Dasar pemikiran untuk pendekatan ini telah difokuskan pada terapi sel punca eksperimental untuk lupus, artritis reumatoid dan diabetes tipe I. Saat ini ada dua jenis utama transplantasi sel punca: transplantasi sel punca autologus dan transplantasi sel punca alogenik. Metode umum dari apa yang disebut transplantasi sel punca darah autologus (yaitu, dari “diri sendiri”) adalah sebagai berikut: pertama, pasien menerima suntikan faktor pertumbuhan yang menyebabkan sejumlah besar sel punca darah masuk ke aliran darah dari sumsum tulang. Sel-sel ini kemudian dikumpulkan dari darah, dipisahkan dari sel-sel kekebalan tubuh yang matang, dan disimpan. Setelah jumlah sel punca yang cukup diperoleh, pasien diobati dengan obat sitotoksik (pembunuh sel) dan / atau radiasi untuk menghilangkan sel-sel kekebalan yang matang. Sel punca hematopoietik kemudian ditransfusikan ke dalam sirkulasi darah, di mana mereka kemudian akan bermigrasi ke sumsum tulang dan mulai berdiferensiasi menjadi sel kekebalan yang matang. Sistem kekebalan tubuh kemudian dibangun kembali. Ada risiko kekambuhan penyakit dengan pendekatan ini. BURT dan rekan-rekannya melakukan tindak lanjut jangka panjang (1-3 tahun) dari tujuh pasien penderita lupus yang menjalani pengobatan ini dan mendapati bahwa para pasien tidak memiliki lupus aktif dan terus membaik tanpa menggunakan terapi resistensi kekebalan setelah transplantasi. Transplantasi sel punca alogenik melibatkan pengumpulan sel punca dari tubuh alogenik dengan cara dikawinkan kemudian, dan ketika jumlah sel punca yang cukup diperoleh, pasien diobati dengan obat sitotoksik (sitosidal) dan/atau radiasi untuk menghilangkan sel kekebalan tubuh yang matang. Sel punca hematopoietik kemudian ditransfusikan ke dalam sirkulasi darah, di mana mereka kemudian akan bermigrasi ke sumsum tulang dan mulai berdiferensiasi menjadi sel kekebalan yang matang. Sistem kekebalan tubuh kemudian dibangun kembali. Kerugian utama metode ini adalah reaksi penolakan.