SLE adalah penyakit autoimun kronis dengan kerusakan multi-sistem dan multi-organ yang dapat mengancam kesehatan pasien dan bahkan memperpendek usia mereka, tetapi saat ini, dengan kemajuan teknologi medis, rata-rata masa bertahan hidup pasien jauh lebih lama daripada sebelumnya dan SLE bukan lagi penyakit yang tidak dapat disembuhkan. SLE dapat menyebabkan berbagai tingkat kerusakan pada beberapa organ tubuh dan dapat mengganggu fungsi fisiologis dari beberapa sistem, termasuk kekebalan tubuh, pencernaan dan darah, dan secara historis dianggap sebagai penyakit dengan tingkat kematian yang tinggi, misalnya, pada tahun 1950-an, tingkat kelangsungan hidup empat tahun untuk pasien SLE hanya 50%. Namun, sejak penggunaan glukokortikoid dan obat imunosupresif dalam pengobatan SLE, situasinya telah meningkat secara dramatis, dengan tingkat kelangsungan hidup pasien SLE sekarang mencapai 90% pada 10 tahun dan 80% pada 15 tahun, dan sebagian besar pasien dapat bekerja dan hidup seperti orang normal dengan pengobatan yang komprehensif dan terstandardisasi. Namun demikian, perlu dicatat bahwa manifestasi klinis SLE adalah kompleks dan bervariasi, dan tingkat keparahan penyakit bervariasi dari satu pasien ke pasien lainnya. Prognosis pasien sangat dipengaruhi oleh urgensi penyakit mereka, respon mereka terhadap pengobatan, kebiasaan gaya hidup mereka, dan keadaan pikiran mereka. Mempertahankan sikap yang baik dan mengikuti pengobatan yang sistematis dan terstandardisasi sangatlah penting bagi pasien lupus. Akibatnya, SLE secara bertahap berubah dari keadaan darurat yang eksplosif, tidak terkendali dan mematikan menjadi penyakit kronis yang dapat dikelola. Bagi sebagian besar pasien SLE, prognosisnya lebih baik dengan diagnosis dini dan pengobatan yang sistematis dan terstandardisasi, dan periode kelangsungan hidup rata-rata secara substansial lebih lama.