Bahaya utama dari endoskopi kapsul adalah selama prosedur, endoskopi kapsul dapat tersangkut di bagian saluran pencernaan dan tidak dapat dikeluarkan dari tubuh. Penyebab paling umum dari hal ini adalah pada pasien dengan peradangan atau tukak pada saluran pencernaan, penyumbatan atau perdarahan pada saluran pencernaan, di mana terbentuk ceruk dan endoskopi kapsul menjadi tersangkut dan tidak dapat dikeluarkan. Penyebab umum lainnya adalah kelainan bawaan pada saluran pencernaan, yang mengakibatkan terlalu banyak penyempitan saluran pencernaan dan kemungkinan endoskopi kapsul tersangkut pada satu titik. Peradangan kronis pada saluran pencernaan, tumor dalam saluran pencernaan, dan tekanan dari tumor di luar saluran pencernaan juga dapat menyebabkan penyempitan saluran pencernaan, yang dapat menyebabkan endoskopi kapsul tersangkut. Setelah endoskopi kapsul masuk ke dalam tubuh, biasanya diperlukan waktu 2-3 hari untuk mengeluarkannya dan perlu dipantau secara ketat.