Orang-orang yang biasanya tidak dapat menggunakan sel punca meliputi: syok, tumor ganas stadium lanjut, infeksi sistemik yang parah, penderita gangguan koagulasi dan sebagainya. Kontraindikasi yang biasa terjadi pada terapi sel punca meliputi: 1. Syok atau kegagalan organ sistemik; 2. Tumor ganas stadium lanjut, terutama pada pasien tumor otak; 3. Infeksi sistemik atau infeksi lokal yang serius sebelum sembuh dari pengobatan anti-infeksi (levofloxacin); 4. pasien dengan gabungan disfungsi jantung, paru-paru, hati, ginjal, dan organ penting lainnya; 5. Disfungsi koagulasi; 6. Tes serologis positif (misalnya AIDS, hepatitis B, sifilis, dll.); 7. Gangguan non-neurologis atau mereka yang belum terdiagnosis dengan jelas. 8. Selain itu sangat alergi atau dengan riwayat alergi berat; tidak normal dan tidak bekerja sama dengan pemeriksaan; serta beberapa pasien lain yang tidak cocok untuk terapi sel punca sebaiknya tidak menggunakan sel punca untuk pengobatan. Oleh karena itu, ketika melakukan penelitian dan penerapan terapi transplantasi sel punca, pasien perlu diskrining dan perawatan khusus harus dilakukan di bawah bimbingan dokter.