Dalam keadaan normal, kebanyakan orang yang mengonsumsi vitamin B6 tidak akan mengalami efek samping. Namun, sejumlah orang akan memiliki tipe tubuh yang berbeda atau menggunakan vitamin B6 secara tidak tepat, yang dapat menyebabkan efek samping pada tubuh. Pertama, jika tubuh memiliki konstitusi khusus dan lebih sensitif terhadap obat, efek samping yang umum terjadi saat mengonsumsi vitamin B6 adalah alergi, biasanya disertai dengan gejala-gejala yang tidak menyenangkan seperti kulit gatal, kulit bengkak, mual, dan pusing. Kedua, penggunaan jangka panjang vitamin B6 juga dapat menyebabkan neuritis perifer. Mengonsumsi vitamin B6 dalam jumlah besar juga dapat menyebabkan agregasi trombosit dalam tubuh, yang mengakibatkan efek samping yang merugikan seperti lemas, pusing, mual, dan penglihatan kabur. Akhirnya, beberapa orang yang mengonsumsi vitamin B6 dalam jangka waktu yang lama juga dapat menjadi ketergantungan. Vitamin B6 terutama digunakan untuk mengatasi kekurangan vitamin B6. Setelah vitamin B6 berkurang, hal ini dapat menyebabkan gejala seperti pusing dan kelemahan otot.