Alasan utama mengapa anak-anak tidak boleh divaksinasi setelah minum obat didasarkan pada beberapa faktor. Yang pertama adalah sistem kekebalan tubuh anak terganggu saat mereka sakit, karena sebagian besar alasan mengapa anak minum obat adalah karena berbagai penyakit. Pada masa ini, fungsi kekebalan tubuh anak lebih terganggu dan memberikan vaksinasi pada anak secara tergesa-gesa akan menyebabkan fungsi kekebalan tubuh semakin terganggu, sehingga dapat dengan mudah menimbulkan gejala seperti demam dan batuk. Sebagai contoh, jika seorang anak diberikan vaksin Haemophilus pneumoniae dan kemudian mengonsumsi sefalosporin pada waktu tersebut, seringkali akan mengganggu efektivitas vaksinasi.