Ada dua penyebab umum terjadinya hipoksia janin yang dapat dipertimbangkan. Yang pertama adalah penyebab janin itu sendiri. Hipoksia janin dapat disebabkan oleh kualitas sel telur yang dibuahi yang buruk, perkembangan janin yang buruk, janin dengan malformasi yang membuat mereka mengalami hambatan pertumbuhan dalam kandungan, dan kelainan perkembangan otak. Yang kedua adalah faktor ibu. Wanita hamil dengan diabetes mellitus gestasional, gangguan hipertensi pada kehamilan, fibroid uterus multipel, cairan ketuban yang berlebihan, cairan ketuban yang sedikit, dan sebagainya dapat menyebabkan hipoplasia plasenta, yang menyebabkan hipoksia janin dalam kandungan.