Sebagian besar infeksi urin disebabkan oleh mikroorganisme patogen, paling sering bakteri dari saluran usus, sebagian besar batang Gram-negatif, 80% di antaranya adalah Escherichia coli, dan Klebsiella serta Aspergillus dan Bacillus pneumoniae. Infeksi dalam air seni terutama disebabkan oleh sistem kekebalan tubuh yang rendah, seperti kekurangan gizi dan penyakit kronis, yang dapat menyebabkan infeksi. Sumbatan yang terlokalisasi di dalam tubuh, seperti batu, tumor atau pembesaran prostat, dapat menyebabkan drainase urin yang buruk dan infeksi. Ada juga faktor medis seperti kateter yang tertanam, fistula dan dilatasi uretra yang juga dapat menyebabkan infeksi saluran kemih. Penting untuk minum banyak cairan dan mengobati dengan antimikroba spektrum luas setelah infeksi saluran kemih.