Vaksin HPV kuadrivalen memiliki efek samping klinis sebagai berikut: 1) bengkak dan nyeri di tempat suntikan; 2) sakit kepala, pusing, dan mual setelah penyuntikan; 3) suhu tubuh meningkat pada beberapa kasus, yang merupakan efek samping klinis vaksinasi HPV. Vaksin HPV bersifat toksik dan sebaiknya tidak hamil selama enam bulan setelah vaksinasi untuk menghindari efek samping pada bayi. Vaksin HPV dapat mencegah kanker serviks, tetapi tidak semua vaksinasi kanker serviks dapat mencegah kanker serviks, sehingga pemeriksaan rutin harus dilakukan setelah vaksinasi kuadrivalen.