Pengobatan terbaik untuk kista rahim adalah pernyataan yang terlalu mutlak. Pembedahan adalah pengobatan utama untuk kista rahim dan metodenya meliputi kistektomi dan histerektomi. Pembedahan untuk kista rahim dapat dilakukan secara laparoskopi atau transabdominal. Kistektomi sederhana dilakukan bagi mereka yang memiliki persyaratan kesuburan dan memiliki kista kecil. Bagi mereka yang tidak subur, memiliki kista besar, atau memiliki gejala parah yang dikombinasikan dengan gangguan rahim lainnya, dokter bedah dapat merekomendasikan histerektomi. Pasien harus dipantau secara ketat setelah operasi untuk menghindari perdarahan pasca operasi dan infeksi pasca operasi. Selain itu, hubungan seksual dan mandi panggul dilarang selama 3 bulan setelah operasi, dan douching vagina juga dilarang. Oleh karena itu, jika kista rahim terdiagnosis dalam praktik klinis, pengobatan dini dan terstandardisasi direkomendasikan untuk meminimalkan efek samping penyakit selanjutnya.