Pengobatan polip kolon terutama melalui pembedahan, dengan pilihan pengobatan yang ditentukan oleh ukuran, jumlah, komplikasi dan sifat patologis polip.
Biopsi dapat dilakukan secara endoskopi untuk mengklarifikasi sifat polip, sementara polip dapat diangkat secara langsung di bawah kolonoskopi. Berdasarkan temuan histologis patologis, keputusan dibuat apakah akan melakukan pembedahan radikal tambahan.
Untuk adenoma kolorektal, yang dianggap sebagai prakanker, operasi pengangkatan adenoma dapat secara signifikan mengurangi kejadian kanker. Pada poliposis adenomatosa familial, tingkat kankernya 100%. Jika tidak diobati, hampir selalu akhirnya akan menjadi kanker, jadi harus didiagnosis dan menjalani pembedahan radikal pada masa remaja jika memungkinkan.