Prognosis untuk kanker tiroid papiler jauh lebih positif daripada tumor lainnya karena sangat terdiferensiasi dengan baik. Jika tidak ada metastasis kelenjar getah bening yang ditemukan secara intraoperatif atau pascaoperasi, 90-95% dari pasien ini akan sembuh dalam jangka panjang. 5-10% mungkin mengalami kekambuhan. Ada dua skenario: 1. 80-90% pasien dengan kekambuhan memiliki kekambuhan lokal (75% di antaranya berada di kelenjar getah bening lokal dan 25% di tempat tidur tiroid) dan 10-30% dari pasien ini pada akhirnya akan meninggal karena penyakit ini. 2. 10-20% pasien dengan kekambuhan memiliki metastasis jauh (atau kekambuhan lokal) dan 50-90% dari pasien ini pada akhirnya akan meninggal karena penyakit ini.