Transplantasi endotel kornea tidak rumit dan sangat mirip dengan operasi katarak, baik dari segi lokasi sayatan, waktu operasi, maupun prosedurnya. Sayatan biasanya dibuat di area yang tersembunyi oleh kelopak mata dan luka tidak terlihat saat mata terbuka secara normal setelah operasi. Pembedahan biasanya dilakukan dengan anestesi lokal (zat mati rasa di sekitar mata). 2 mm di luar mata hitam, 1/3-1/2 dari ketebalan sklera putih diiris dan pisau terowongan dimasukkan ke dalam kornea jernih untuk mengupas lapisan endotel, lapisan elastis posterior, dan sebagian stroma, dengan seluruh sayatan menyerupai terowongan bawah tanah. Cangkok donor ditanamkan melalui sayatan, dibuka di dalam mata dan diletakkan di atas stroma. Sejumlah gas biasanya dipompa ke dalam mata untuk menahan cangkok dengan kuat pada stroma dan memastikannya terpasang dengan baik. Prosedur ini sangat singkat, biasanya hanya membutuhkan waktu sekitar 20-30 menit. Karena sayatan terowongan dan panjang sayatan hanya 3,25 mm, biasanya tidak diperlukan jahitan. Ada beberapa kasus khusus yang memerlukan penjahitan, misalnya ketika pasien memiliki jaringan parut di tepi kornea atau sklera, yang dapat memengaruhi penyembuhan sayatan terowongan. Jika dibiarkan tidak terpasang, gas yang dilubangi ke dalam mata sebagai penyangga dapat bocor keluar. Dalam hal ini hanya satu jahitan yang cukup untuk memastikan keberhasilan prosedur dan, tentu saja, jahitan dapat dibiarkan di tempatnya. Kini terdapat lebih banyak pengalaman dalam pencangkokan endotel kornea. Pasien dapat dipulangkan keesokan harinya atau hari ketiga setelah operasi di bawah pengawasan selama satu hari, jika cangkok cocok dengan baik. Tentu saja, penundaan diperlukan jika ada kondisi luar biasa atau pada akhir pekan.