Transplantasi kornea merupakan salah satu transplantasi organ pertama yang berhasil karena kornea normal tidak memiliki pembuluh darah atau pembuluh limfatik, dan cangkoknya tidak mudah dikenali oleh sistem kekebalan tubuh pasien, sehingga secara umum tidak menimbulkan reaksi penolakan. Sama seperti transfusi darah yang dapat menyebabkan reaksi alergi antar individu, transplantasi kornea alogenik juga dapat menyebabkan penolakan kekebalan tubuh, terutama jika cangkok berukuran besar, saat fase inflamasi, ketika terjadi neovaskularisasi kornea, dan ketika terdapat perbedaan signifikan pada antigen jaringan kornea. Limfosit dan antibodi kemudian menyerang dan menolak cangkok, sehingga terjadi degenerasi, kekeruhan, dan jaringan parut pada cangkok, yang berujung pada kebutaan.