Tidak ada obat untuk penyakit Crohn (selanjutnya disebut CD). Pertanyaan tentang prognosis penyakit ini benar-benar terutama berkaitan dengan bagaimana pasien akan bernasib dibandingkan dengan populasi bebas penyakit pada usia dan jenis kelamin yang sama selama periode waktu yang cukup lama di masa depan. Terdapat perbedaan yang signifikan antara perjalanan penyakit pada setiap pasien CD. Penelitian di luar negeri menemukan bahwa dalam satu tahun pengamatan tertentu, sekitar 55% pasien berada dalam remisi klinis, 15% berada dalam penyakit aktif ringan dan 30% menderita penyakit aktif yang parah. Oleh karena itu, pertanyaan tentang prognosis penyakit harus diperoleh dari kohort pasien berbasis populasi nyata yang mewakili semua jenis penyakit (berbagai tingkat aktivitas, luasnya lesi), bukan melalui populasi rumah sakit atau kasus pusat bedah (yang biasanya lebih parah dan tidak mencerminkan populasi pasien secara keseluruhan). Pada tahun 1960-an dan 1970-an, Truelove dan Pena menyelesaikan studi epidemiologi pertama pasien dengan penyakit radang usus. Mereka membagi pasien menjadi ‘kasus baru’ (didiagnosis dan dirawat di rumah sakit regional yang sama) dan ‘kasus terpilih’ (pasien yang memilih untuk dirawat di rumah sakit yang lebih tinggi). Para penulis menemukan bahwa kasus baru memiliki tingkat kelangsungan hidup yang lebih tinggi daripada kasus terpilih pada 10 tahun. Studi populasi selanjutnya menunjukkan beberapa variasi, dengan hasil mulai dari tidak terpengaruh hingga sedikit peningkatan mortalitas. Analisis lebih lanjut menemukan bahwa peningkatan mortalitas yang diamati terkait dengan luasnya lesi, durasi penyakit, dan sifat perempuan dari CD. Selain terkait dengan karakteristik CD itu sendiri, beberapa pasien meninggal akibat penyakit saluran pencernaan, hati dan empedu lainnya serta tumor paru-paru. Sekitar 30% dari semua kematian terkait dengan penyakit CD itu sendiri. Penyebab kematian pada kelompok pasien ini dibagi menjadi dua kategori: yang terjadi pada tahap awal penyakit dan terkait dengan komplikasi klinis atau bedah, dan yang terjadi pada tahap akhir penyakit terutama karena tumor usus. Sampai saat ini, belum dapat disimpulkan apakah penerapan agen imunosupresif/biologis dapat mengubah tingkat kematian secara keseluruhan dan atau etiologi kematian pada pasien dengan CD. Perawatan ini dapat mengurangi angka kematian pascaoperasi dengan mengurangi tingkat pembedahan, tetapi harus dipertimbangkan terhadap kemungkinan peningkatan risiko kematian akibat efek samping pengobatan.