Granuloma eosinofilik pada tengkorak, hal pertama yang harus dipertimbangkan adalah pembedahan. Ini adalah lesi jinak pada tengkorak dan bukan tumor ganas. Namun, tumor ini tumbuh dan menyerang tengkorak normal pasien, sehingga menyebabkan cacat tengkorak yang semakin besar, yang biasanya didiagnosis secara definitif dengan CT tengkorak. Pasien biasanya akan merasakan adanya massa di kulit kepala, dan pada pemeriksaan fisik oleh ahli bedah saraf, akan ditemukan defek tengkorak yang sesuai, yang ditinggikan dan ulet di tengkorak. Dalam kasus ini, eksisi bedah harus dipertimbangkan secara aktif untuk pengobatan. Selama pembedahan, tidak hanya granuloma eosinofilik yang diangkat, tetapi juga pinggiran tengkorak normal yang sesuai juga diangkat. Setelah semua lesi diangkat, perbaikan tengkorak dipertimbangkan pada saat yang sama, biasanya dengan prioritas diberikan pada perbaikan tengkorak titanium mesh.