Ujung bawah esofagus ditutupi oleh epitel kolumnar yang tidak normal dan disebut esofagus Barrett. Penyakit ini umumnya dianggap didapat dan terkait erat dengan refluks esofagitis, dengan kemungkinan adenokarsinoma, dan pertama kali dideskripsikan oleh Norman Barrett pada tahun 1950. Secara klinis, kerusakan mukosa esofagus bagian bawah dengan migrasi epitel kolumnar telah ditemukan terjadi pada cairan lambung yang bersifat asam akibat refluks gastro-esofagus dan refluks cairan usus yang bersifat basa setelah gastrektomi total. Perkembangan esofagus Barrett juga difasilitasi oleh berkurangnya kontraktilitas sfingter esofagus bagian bawah dan berkurangnya pembersihan esofagus setelah berkembangnya esofagitis refluks. Refluks, yang meliputi satu atau lebih asam lambung, pepsin, enzim pankreas dan asam empedu, berkontribusi pada metaplasia epitel skuamosa pada pasien GERD. Gangguan pada epitel skuamosa diikuti oleh epitelisasi ulang epitel kolumnar lambung di kardia ke arah ujung sefalika ke area esofagus yang rusak. Pada kasus lain yang jarang terjadi, Barrett’s oesophagus dapat terjadi akibat luka bakar korosif pada kerongkongan atau kerusakan pada mukosa kerongkongan selama kemoterapi anti-kanker jangka panjang. Hubungan sebab akibat antara disfungsi motorik esofagus dan esofagus epitel kolumnar tidak sepenuhnya dipahami. Kemungkinan karsinoma epitel kolumnar esofagus telah diidentifikasi selama masa tindak lanjut jangka panjang.