Gastroskopi dilakukan karena dokter menemukan lesi di dalam perut pasien, seperti erosi, bisul, hiperplasia, bintik-bintik putih, pembengkakan dan polip. Untuk lesi ini, yang mungkin bersifat kanker, atau dinilai oleh dokter sebagai lesi yang mencurigakan, dokter perlu mengiris lesi tersebut untuk biopsi patologis guna membantu memperjelas diagnosis dan pasien diharapkan untuk bekerja sama. Spesimen patologi relatif kecil, sehingga sayatan untuk biopsi bersifat minimal invasif. Jika laporan patologi menunjukkan lesi jinak, pasien harus bekerja sama dengan dokter dalam pemberian obat oral. Jika patologi jelas-jelas ganas, pasien perlu berkonsultasi dengan spesialis untuk perawatan bedah dini.