Karsinoma tiroid meduler diperlakukan sedikit berbeda dari karsinoma papiler lainnya. Menurut pedoman saat ini, setiap kali karsinoma tiroid meduler didiagnosis, tiroidektomi bilateral total direkomendasikan, bukan eksisi parsial. Ketiga, kanker tiroid meduler umumnya tidak dianjurkan untuk diobati dengan yodium 131 setelah operasi, yang tidak terlalu efektif untuk kanker tiroid meduler. Oleh karena itu, jumlah obat yang diminum setelah pembedahan harus lebih sedikit, dan itu cukup untuk mempertahankan fungsi tiroid yang normal; hal lain adalah bahwa untuk kanker tiroid meduler, terutama yang lebih lanjut, ada terapi yang ditargetkan, yang juga sangat efektif.