Ada banyak hal yang dapat diperiksa dengan USG Doppler otak, yaitu sebagai berikut: 1. Untuk mengetahui kondisi pembuluh darah: Dapat memeriksa laju aliran darah dari leher ke pembuluh darah di tengkorak, sehingga dapat menilai penyempitan pembuluh darah atau adanya aterosklerosis dari samping. 2. Untuk mendiagnosa migren atau kejang serebrovaskuler: Migren juga dapat diperiksa dengan USG serebrovaskuler, misalnya kejang serebrovaskuler juga dapat dinilai dengan USG Doppler otak. 3. Untuk menentukan apakah ada foramen ovale yang tidak tertutup: TCD juga dapat dilakukan dengan tes berbusa, tes berbusa secara tidak langsung dapat menentukan apakah ada foramen ovale yang tidak tertutup di sisi lain, jika ada foramen ovale yang tidak tertutup, USG trans esofagus lebih lanjut diperlukan untuk menentukan apakah memang ada foramen ovale yang tidak tertutup, dan jika ya, prosedur pemblokiran diperlukan.