Amoksisilin efektif dalam mengobati periodontitis, proses infeksi kronis di mana campuran besar bakteri dapat hadir dalam periodontium, sehingga mengonsumsi obat anti-inflamasi dapat efektif dalam mengobati periodontitis. Namun demikian, mengonsumsi amoksisilin bersama dengan kombinasi tablet metronidazol atau tablet tinidazol biasanya direkomendasikan untuk mengobati periodontitis secara lebih efektif. Untuk pasien dengan periodontitis, obat anti-inflamasi oral jangka panjang tidak dianjurkan. Pengobatan klinis periodontitis didasarkan pada pengobatan topikal dan pengobatan lokal. Pengobatan topikal terutama saline dan hidrogen peroksida, yang digunakan untuk menyiram secara menyeluruh gusi di sekitar dan kantong periodontal, dan gliserin yodium atau salep hidroklorida minosiklin dioleskan ke kantong periodontal untuk pengobatan anti-inflamasi lokal. Perawatan topikal untuk periodontitis termasuk scaling ultrasonik, yang juga dikenal sebagai scaling, yang menghilangkan karang gigi dan plak dari permukaan gusi dan kantong periodontal, menciptakan lingkungan kebersihan mulut yang baik dan dengan demikian mengobati periodontitis. Untuk pasien dengan peradangan periodontal yang sangat parah, pasien-pasien ini biasanya memiliki kantong yang dalam dan scaling ultrasonik konvensional belum dapat sepenuhnya menghilangkan karang gigi dan plak dari kantong dan memerlukan pembersihan yang mendalam, terutama yang melibatkan scaling periodontal, root planing dan bahkan operasi flap gusi untuk perawatan lengkap.