Hipotiroidisme kongenital biasanya tidak dapat disembuhkan dan harus didiagnosis dengan segera dan diobati secara dini. Penyebab utama hipotiroidisme kongenital adalah kelenjar tiroid yang tidak berkembang atau kurang berkembang, cacat enzim bawaan dalam jalur sintesis tiroksin, dan cacat hormon perangsang tiroid. Biasanya sulit disembuhkan, dan pengobatan harus dilanjutkan seumur hidup. Umumnya, terapi penggantian dilakukan dengan obat-obatan seperti natrium levotiroksin untuk mempertahankan kadar hormon tiroid serum dalam kisaran normal. Pasien dengan hipotiroidisme harus ditinjau secara teratur. Dengan berlanjutnya perjalanan hipotiroidisme, jumlah penggantian hormon tiroid akan berubah, dan harus dievaluasi tepat waktu dan dosisnya disesuaikan sebagaimana mestinya. Pasien dengan hipotiroidisme kongenital harus pergi ke rumah sakit sedini mungkin dan mengikuti petunjuk dokter untuk pengobatan.