Obat Cina memiliki efek samping, penggunaan obat Cina dalam jangka panjang akan menghasilkan efek samping ketergantungan, jadi umumnya minum 1 minggu atau lebih perlu mengganti resep. Sebagai contoh, biji cassia memiliki efek menurunkan lemak darah, tetapi penggunaan jangka panjang biji cassia dapat menyebabkan sakit perut. Manfaat limpa dan qi serta membersihkan panas dan detoksifikasi jerami penggunaan jangka panjang akan menyebabkan peningkatan tekanan darah. Inilah alasan mengapa “obat-obatan tiga kali lebih beracun”. Sebagian besar obat Cina adalah obat alami, bahan aktifnya lebih kompleks, seperti alkaloid, saponin, tanin, minyak atsiri dan sebagainya. Karena mereka adalah obat-obatan, kebanyakan dari mereka akan memiliki tingkat efek samping yang berbeda. Secara umum, efek samping obat tradisional Cina daripada obat Barat sintetis menjadi lebih kecil, tetapi ada juga beberapa obat dengan toksisitas yang lebih besar, seperti arsenik merah, arsenik putih, merkuri, Zanbian, cacing Qingnian, serangga wanita merah, garcinia cambogia mentah dan sebagainya. Sedikit kurang beracun adalah: aconite putih, aconite mentah, Chuanwu mentah, Caowu mentah, setengah musim panas mentah, strychnine, puring, Tiannanxing mentah, Gansui mentah, bunga kambing berhantu, Tianxianzi, jamur payung, kura-kura kayu tanah, Luzongo, poros awan, terong maple, terong maple, belerang mentah, puring, dan turun putih, sekam poppy dan sebagainya. Ketika penggunaan obat-obatan ini, harus berhati-hati, seperti maple sebelum bunga direndam dalam anggur, pengobatan oral rheumatoid arthritis, dosisnya terlalu besar, sering menyebabkan kematian karena keracunan. Oleh karena itu, ramuan beracun harus dikonsumsi di bawah bimbingan dokter.