Trombosis vena mesenterika sering kali dapat menyebabkan konsekuensi yang lebih serius atau bahkan mengancam nyawa, sehingga merupakan keadaan darurat yang umum terjadi pada pembedahan vaskular dan pembedahan dasar. Timbulnya trombosis mesenterika seringkali lambat, manifestasi awal ketidaknyamanan perut, sembelit atau diare, dalam beberapa hari atau minggu dengan penyebaran perluasan trombus, obstruksi refluks vena yang mempengaruhi kelangsungan hidup saluran usus, akan timbul nyeri perut yang parah secara tiba-tiba, muntah yang terus-menerus, diare dan feses berdarah, keadaan ini sering kali dalam pemeriksaan dapat ditemukan distensi abdomen, nyeri abdomen, nyeri pantul, dan ketegangan otot, serta gejala abdomen akut lainnya, aspirasi rongga abdomen. Tusukan pada rongga perut dapat mengeluarkan cairan darah dan sering disertai dengan peningkatan sel darah putih dan tekanan sel darah merah, dan pada foto rontgen dapat menunjukkan dilatasi dan insuflasi usus halus, disertai dengan kadar cairan dan gas.