Gastroskopi untuk HP berarti memeriksa infeksi H. pylori di dalam lambung selama gastroskopi. Ada tiga cara untuk memeriksa HP dengan gastroskopi: Pertama, sejumlah sekresi yang sesuai dari mukosa lambung diambil selama gastroskopi dan kemudian diteteskan ke kertas uji perineurinase untuk menentukan apakah H. pylori positif dengan membedakan warna kertas uji, yang cepat tetapi dengan akurasi yang rendah dan kemungkinan positif palsu. Kedua, selama gastroskopi, jaringan dari bagian mukosa lambung yang sakit diambil dan diamati di bawah mikroskop dengan pembedahan patologis dan pewarnaan khusus untuk melihat apakah jaringan mukosa tersebut terinfeksi H. pylori, yang lambat tetapi sangat akurat dan tidak praktis untuk dioperasikan. Ketiga, pengamatan endoskopi untuk menentukan adanya infeksi H. pylori, lokasi lesi sebagian besar merupakan perubahan seperti kulit ayam, metode ini bukan merupakan dasar untuk menentukan adanya infeksi H. pylori.