Hepatitis autoimun secara teoritis tidak dapat disembuhkan karena disebabkan oleh disfungsi autoimun yang menyebabkan kerusakan pada sel hati sendiri, sehingga diobati dengan hormon dan obat imunosupresif untuk waktu yang lama. Tentu saja, jumlah hormon dan imunosupresan akan dikurangi secara bertahap seiring dengan membaiknya pengobatan dan menurunnya titer autoantibodi. Umumnya, pada tahun pertama, pasien dengan hepatitis autoimun memiliki lebih banyak tusukan hati, dan dosis hormon dan imunosupresan lebih tinggi. Hepatitis autoimun bukanlah penyakit hati-invasif murni, tetapi sering dikaitkan dengan lupus eritematosus sistemik dan artritis reumatoid.