Sampel urin berpotensi terkontaminasi baik melalui jalurnya sendiri maupun melalui tabung sampel. Jika area di sekitar kulit perineum tidak dibersihkan ketika sampel urin diambil, ada kemungkinan besar sejumlah besar patogen, seperti virus atau bakteri, akan ada dan dapat menyebabkan kontaminasi sampel urin ketika dikumpulkan. Mungkin juga tabung sampel, jika tidak dibersihkan dan disterilkan secara ketat, dapat menyebabkan kontaminasi sampel urin. Jika berbagai mikroorganisme patogen dapat dikultur selama tes sampel urin, hal ini mungkin disebabkan oleh kontaminasi urin saat ditampung, dan perlu diperhatikan untuk membersihkan perineum dengan benar dan menampung kembali urin untuk pengujian.