Saccharomyces boulardii umumnya digunakan secara klinis dalam bentuk curah, dan pasien kadang-kadang mengalami gatal-gatal, reaksi alergi, sembelit yang tidak dapat diatasi, mulut kering, dan efek samping yang jarang terjadi seperti bakteremia jamur, angioedema, dan ruam kulit setelah minum obat. Bubuk Saccharomyces boulardii adalah sediaan mikroekologi yang mengandung Saccharomyces boulardii hidup, secara klinis terutama digunakan untuk pengobatan diare pada anak-anak dan orang dewasa, juga memiliki efek terapeutik tertentu pada gejala diare yang disebabkan oleh ketidakseimbangan flora usus. Efek samping dari obat ini adalah seperti yang disebutkan di atas, dan pasien harus mencari saran medis jika ada ketidaknyamanan yang terjadi selama pemberian obat, berlanjut tanpa bantuan, atau jika gejalanya lebih serius. Perlu dicatat bahwa penggunaan Saccharomyces boulardii dilarang pada pasien yang alergi terhadap salah satu komponen obat, tidak toleran terhadap fruktosa, pasien dengan infus kateter vena sentral, pasien dengan gangguan penyerapan glukosa atau galaktosa, pasien dengan galaktosemia bawaan, dan pasien yang mengalami defisiensi laktase. Pasien harus mengonsumsi Saccharomyces boulardii dengan saran medis dan menghindari pengobatan sendiri untuk menghindari timbulnya efek samping.