Ada banyak sekali jenis megakolon kongenital, termasuk tipe kolon total, tipe segmen panjang, tipe umum, dan tipe segmen pendek. Tergantung pada panjangnya cacat sel saraf, gejala klinisnya berbeda, begitu pula dengan metode pengobatannya. Efek pengobatan megakolon tipe kolon utuh sangat buruk, secara relatif, tidak ada cara yang baik, secara umum, tahap awal diperlukan untuk melakukan fistula, melakukan operasi khusus, seperti operasi Martin. Jika itu adalah jenis segmen panjang, seperti seluruh ganglion kolon sigmoid hilang, relatif panjang kelainan kolon semacam ini, ketika operasi umumnya menyelesaikan fistula, sehingga anak dapat dapat perkembangan nutrisi normal, dapat tidak terlalu kekurangan nutrisi, tahap kedua dapat dilakukan ketika anastomosis operasi usus besar. Jenis segmental pendek dan umum sekarang dapat ditangani secara minimal invasif, seperti laparoskopi, dengan reseksi sederhana pada usus abnormal dan reanastomosis. Jika jenisnya adalah tipe segmental pendek atau dilatasi lokal dari stenosis anus, terkadang setelah dilatasi anus, dilatasi jangka panjang dapat berkurang secara perlahan. Oleh karena itu, operasi semacam ini umumnya didasarkan pada tingkat keparahan penyakit, bila penyakitnya serius dapat dilakukan fistula terlebih dahulu, yang relatif ringan dapat dilakukan operasi tahap I langsung anastomosis.