Perbedaan klinis antara tiroiditis dan faringitis terutama dimanifestasikan dalam tiga poin berikut: Pertama, tiroiditis, sebagian besar yang subakut, biasanya memiliki infeksi virus saluran pernapasan atas seminggu sebelumnya, sehingga agen penyebabnya adalah virus; faringitis yang agen penyebabnya dapat mencakup bakteri, virus, atau mikroorganisme lain, atau bahkan gas industri yang berbahaya. Kedua, dalam hal manifestasi klinis, tiroiditis subakut terutama dimanifestasikan sebagai nyeri leher, terkadang lebih intens; faringitis terutama dimanifestasikan sebagai infeksi pernapasan atau batuk, atau bahkan mual. Ketiga, dalam hal pengobatan, pengobatan tiroiditis subakut biasanya memerlukan terapi hormon, dan obat klinis yang umum digunakan adalah prednison; sementara pengobatan faringitis terutama terapi anti-virus, anti-infeksi dan antibiotik, sambil menghindari pemicu, seperti isolasi dari stimulasi gas berbahaya.