Tidak ada efek samping khusus ketika semen tulang mengeras di dalam tubuh setelah operasi, tetapi ada beberapa efek samping selama proses pengaplikasian karena semen tulang mengeluarkan banyak panas selama proses pengaplikasian, tetapi efek samping ini tidak selalu terjadi 100%. Jika digunakan pada orang tua selama vertebroplasti, ada risiko penetrasi semen tulang sebelum semen mengeras, tetapi ini bukan masalah besar jika dilakukan dengan hati-hati dan teknik pembedahannya matang. Jika digunakan dalam operasi penggantian pinggul, karena luasnya area kontak dengan semen tulang, usia yang lebih tua dan elastisitas pembuluh darah yang buruk dapat menyebabkan reaksi toksik terhadap semen tulang karena penurunan tekanan darah, tetapi kemungkinan ini sangat berkurang jika dokter anestesi dan dokter bedah bekerja sama secara tepat selama operasi. Ada juga kemungkinan tertentu yang terutama terkait dengan kondisi fisik seseorang, seperti memiliki tekanan darah tinggi dan penyakit jantung, dan tidak ada cara untuk menghindarinya.