Proses sterilisasi kolonoskopi adalah proses yang sangat kompleks. Pembersihan kolonoskopi perlu melalui beberapa tahap: pertama, kolonoskopi bekas dibersihkan dengan air terlebih dahulu, sebagian besar kotoran akan dibersihkan dengan cara dibilas dengan air; kedua, mengalami pencucian enzim, yaitu enzim ditambahkan ke dalam cairan pencuci, yang merupakan sejenis enzim, dan enzim semacam ini memiliki efek pelarutan yang cukup pada protein, sel, serta zat lain dalam tubuh manusia, dan setelah itu perlu dibilas dengan air; dan kemudian dimasukkan ke dalam mesin sterilisasi otomatis, yang dilengkapi dengan sikat pipa yang ditentukan. Kemudian dimasukkan ke dalam alat sterilisasi otomatis, yang dilengkapi dengan sikat pipa yang ditentukan untuk membersihkan pipa dari pipa pembilas dan pipa hisap; kemudian harus dicuci secara enzimatis untuk kedua kalinya dan akhirnya dimasukkan ke dalam alat sterilisasi lagi. Seluruh proses memakan waktu sekitar 4-5 kali dari berbagai bentuk desinfeksi, dan harus dihembuskan hingga kering dengan senapan angin bertekanan tinggi, desinfeksi sangat bersih dan tidak menyebabkan penyebaran penyakit, serta tidak akan ada kotoran, sehingga desinfeksi kolonoskopi sangat menyeluruh.