Waktu yang diperlukan untuk kolonoskopi biasanya berkisar antara lima belas menit hingga satu jam. Jika pasien kooperatif selama kolonoskopi dan tidak ada penyakit usus yang terdeteksi, maka kolonoskopi hanya membutuhkan waktu sekitar lima belas menit. Namun, jika pasien tidak kooperatif dan tidak sepenuhnya rileks, hal ini dapat mempengaruhi lamanya pemeriksaan. Jika kolonoskopi menunjukkan adanya penyakit, seperti polip usus besar, maka polipektomi kolonoskopi mungkin diperlukan, yang akan membutuhkan waktu tambahan, dan jika ada lebih banyak polip, maka pemeriksaan ini akan memakan waktu lebih lama, mungkin hingga satu jam. Selain itu, jika kolonoskopi tanpa rasa sakit, yaitu kolonoskopi dengan anestesi umum, maka akan memakan waktu lebih lama daripada kolonoskopi normal, dan mungkin memakan waktu lebih dari setengah jam, atau bahkan lebih dari satu jam.