Penyakit Kawasaki menyebabkan beberapa komplikasi pada jantung terutama karena kemungkinan kerusakan pada arteri koroner.1. Sebagai contoh, penyakit ini menyebabkan pembesaran arteri koroner yang berlebihan, yang dapat menyebabkan aneurisma lebih lanjut.2. Penyakit ini dapat menyebabkan penyempitan arteri koroner, dan risiko pembentukan gumpalan darah meningkat pesat.3. Bayi yang arteri koronernya telah rusak lebih mungkin mengalami serangan jantung dibandingkan populasi umum, bahkan setelah penyakit ini sembuh.4. Penyakit Kawasaki dapat dengan mudah menyebabkan aritmia dan miokarditis pada bayi, dan dapat menyebabkan regurgitasi mitral dan vaskulitis. Penyakit ini dapat dengan mudah menyebabkan aritmia dan miokarditis pada bayi, dan dapat menyebabkan regurgitasi mitral dan vaskulitis.