Penyebab penyumbatan usus adalah penyumbatan batu empedu, penyumbatan cacing gelang usus, dan dalam beberapa kasus, penyumbatan batu feses, serta makanan tertentu. Penyumbatan batu empedu bersifat khusus dan disebabkan oleh batu empedu yang masuk ke dalam usus. Jika batu berukuran kecil, batu tersebut dapat dikeluarkan melalui tinja, tetapi jika batu tersebut berukuran besar, berdiameter lebih dari 2,5 cm, batu tersebut dapat menyebabkan penyumbatan, terutama pada ileum, yang menyumbang 60-80% penyumbatan pada usus, karena ileum merupakan bagian yang paling sempit pada saluran usus. Penyumbatan ileum paling sering terjadi pada anak-anak, di mana cacing gelang berkembang biak di saluran usus dan ketika dipengaruhi oleh faktor-faktor tertentu, iritasi yang kuat menyebabkan cacing gelang melilit dan menggumpal sehingga dengan mudah menyumbat rongga usus. Penyebab lainnya termasuk penyumbatan batu tinja, yang biasa terjadi pada orang lanjut usia dengan pencernaan yang buruk, atau pada pasien yang lumpuh, lemah dan tidak dapat buang air besar.