Rasa sakit adalah konsep yang relatif dan beberapa orang memiliki toleransi yang relatif baik terhadap rasa sakit dan tidak merasa sangat sakit setelah pencabutan gigi bungsu. Namun, beberapa orang memiliki ambang batas toleransi rasa sakit yang rendah dan merasa sakit setelah pencabutan gigi bungsu sangat hebat. Pencabutan gigi bungsu berkaitan erat dengan kedalaman pertumbuhan dan kesulitan pencabutan. Pada kasus gigi bungsu yang relatif sederhana, gigi bungsu dapat dicabut hanya dengan menggunakan rahang gigi dan tang dan rasa sakitnya tidak terlalu terasa. Namun, jika gigi bungsu adalah gigi yang relatif rumit, serangkaian operasi seperti pengangkatan flap, pengangkatan tulang dan pemisahan akar diperlukan, yang relatif lebih traumatis dan menyebabkan pembengkakan yang lebih parah setelah operasi.