Prognosis untuk sebagian besar kasus penyakit Kawasaki pada anak kecil adalah baik. Dengan intervensi yang efektif pada tahap awal, biasanya dalam waktu sepuluh hari setelah timbulnya penyakit, dan pengobatan tepat waktu, penyakit Kawasaki pada anak kecil dapat disembuhkan dengan tingkat kekambuhan yang rendah dan tidak ada gejala sisa. Namun, jika anak tidak diobati secara dini atau dengan pengobatan yang efektif, ada risiko komplikasi. Komplikasi utama adalah komplikasi jantung seperti aneurisma koroner, stenosis koroner, atau gagal jantung. Pada kasus komplikasi yang parah, diperlukan pengobatan jangka panjang, tindak lanjut rutin di rumah sakit dan, jika perlu, intervensi bedah.