Secara umum, dibandingkan dengan prostatektomi radikal, implantasi partikel radioaktif pada kanker prostat memiliki komplikasi yang lebih sedikit, dan kemungkinan inkontinensia urin pasca operasi, kesulitan buang air kecil, dan disfungsi seksual lebih kecil, tetapi juga memiliki komplikasi khusus yang timbul akibat radioterapi, yang diklasifikasikan ke dalam komplikasi jangka pendek dan komplikasi jangka panjang. Komplikasi jangka pendek (terjadi dalam waktu 1 tahun) terutama disebabkan secara langsung oleh kerusakan terapi radiasi pada jaringan di sekitarnya, termasuk: gejala iritasi saluran kemih seperti frekuensi buang air kecil, urgensi dan nyeri, kesulitan buang air kecil dan peningkatan nokturia, peningkatan frekuensi buang air besar dan gejala iritasi rektum seperti urgensi dan rasa berat, proktokolitis dan sebagainya. Gejala rektum minor yang timbul akibat brachytherapy biasanya dapat sembuh dengan sendirinya. Insiden perdarahan pasca operasi dalam jumlah kecil berkisar antara 1-4%, dan tingkat komplikasi rektum yang serius (membutuhkan rektostomi) sekitar 0-1%. Insiden komplikasi rektum terkait dengan dosis radiasi ke rektum serta panjang rektum yang menerima dosis tinggi. Komplikasi lain yang jarang terjadi adalah disfungsi ereksi, dan dosis radiasi ke bundel neurovaskular telah dikaitkan dengan disfungsi ereksi setelah brachytherapy. Beberapa penelitian telah melaporkan bahwa 79 persen pasien mempertahankan fungsi seksual setelah brachytherapy, dan 50 persen mempertahankan fungsi seksual penuh setelah enam tahun brachytherapy. Pasien dengan disfungsi ereksi pasca operasi dapat diobati dengan sildenafil sitrat. Komplikasi jangka panjang (terjadi setelah 1 tahun) terutama meliputi: retensi urin kronis, striktur uretra, dan inkontinensia urin, dengan insiden keseluruhan yang rendah.