Dapat dimengerti bahwa banyak pasien yang sangat gugup untuk menjalani kolonoskopi karena mereka berpikir bahwa kolonoskopi itu menyakitkan dan membengkak. Beberapa pasien mungkin dapat mentolerirnya dengan sangat baik dan tidak terlalu bereaksi terhadap rasa sakit yang umum. Hal ini karena kolonoskopi dipompa dan ada banyak tikungan di usus besar, seperti persimpangan kolon rektosigmoid, limpa, hati, dll. Tikungan ini bisa sangat menyakitkan. Oleh karena itu, jika pasien tidak toleran terhadap gas atau rasa sakit, mungkin tidak mungkin untuk melanjutkan kolonoskopi. Jika pasien sangat khawatir dan takut akan kolonoskopi, pasien mungkin disarankan untuk menjalani kolonoskopi tanpa rasa sakit, yang berarti kolonoskopi dilakukan dengan anestesi intravena umum dan pasien tidak merasakan ketidaknyamanan dan menjalani kolonoskopi dengan cara yang sangat nyaman. Jika pasien menyadari kemungkinan ketidaknyamanan kolonoskopi dan siap secara psikologis, dokter akan meyakinkan pasien selama prosedur dan menyarankan pasien untuk rileks sebanyak mungkin, sehingga kolonoskopi adalah prosedur yang kooperatif dan hanya dengan kerja sama yang baik, dokter dapat melakukan kolonoskopi dengan lebih baik.