Gastroenteroskopi dapat secara langsung mengamati lesi inflamasi seperti kongesti dan edema mukosa saluran cerna melalui gastroskopi dan enteroskopi, dan juga dapat mendeteksi lesi seperti polip dan tumor. Jika gastroenteroskopi menunjukkan adanya kongesti, edema dan erosi pada mukosa saluran cerna, maka biasanya hal ini menunjukkan adanya lesi mukosa, yang dapat berupa penyakit inflamasi seperti gastritis, tukak lambung dan radang usus. Jika pemeriksaan menemukan bahwa permukaan mukosa tampak bulat, berbentuk gundukan, bulat telur dan organisme lain yang berlebihan, permukaannya halus, tidak mudah berdarah saat disentuh dan relatif lunak, mungkin merupakan polip usus. Jika dalam pemeriksaan ditemukan mukosa saluran cerna mengalami banyak erosi, pembengkakan, pendarahan, dll., permukaannya tidak rata, dan sebagian mukosa mengeras dan terasa kaku saat disentuh, mungkin ini adalah kanker lambung, kanker usus, dan penyakit lainnya. Gastroenteroskopi harus dikontraindikasikan jika terjadi serangan akut perforasi saluran cerna, gagal jantung, pasien gangguan jiwa, dan sebagainya. Gastroenteroskopi tidak boleh dilakukan selama kehamilan dan pada bayi dan anak kecil. Gastroenteroskopi dapat mendeteksi lesi mukosa, yang sangat membantu dalam diagnosis dan pengobatan penyakit saluran pencernaan. Gastroenteroskopi juga harus dilakukan di bawah bimbingan dokter profesional dan bersamaan dengan gejala dan tes lain untuk membuat penilaian yang komprehensif.