Bagian jaringan yang terbuat dari sel jaringan manusia tidak memiliki warna sendiri dan tidak dapat diidentifikasi di bawah mikroskop. Untuk membedakan struktur sel yang berbeda, bagian tersebut diwarnai. Ada berbagai metode pewarnaan bagian, seperti pewarnaan H1, pewarnaan imunohistokimia, pewarnaan khusus, dll. Bagian parafin umum diwarnai dengan hematoxylin-eosin, yang memberikan warna biru ungu pada nukleus, dan eosin, yang merupakan pewarna asam yang terutama memerahkan komponen dalam sitoplasma dan matriks ekstraseluler. Jaringan seluler yang berbeda dengan corak warna yang berbeda untuk protein yang berbeda memungkinkan kita untuk membedakan berbagai jenis sel jaringan satu sama lain secara mikroskopis. Sebagian besar penyakit dapat didiagnosis dengan benar dengan bagian yang diwarnai H1, tetapi terkadang pewarnaan H1 sulit untuk mengkonfirmasi diagnosis dan metode pewarnaan lain perlu diterapkan untuk membantu diagnosis, seperti pewarnaan imunohistokimia dan metode pewarnaan khusus; misalnya, ada banyak jenis dan sumber limfoma, dan imunohistokimia tambahan diperlukan untuk membedakannya; misalnya, TBC biasanya diwarnai dengan antasida, dan bagian dalam jaringan lesi diwarnai jika Jika warna merah Mycobacterium tuberculosis masih ada di dalam jaringan, diagnosis dapat dipastikan.