Dalam sebuah artikel yang diterbitkan di Cell pada tanggal 26 Maret, Profesor Yongzhen Zhang dari Pusat Klinis untuk Kesehatan Masyarakat di Universitas Fudan dan rekan penulis Profesor Edward Holmes dari University of Sydney mengungkapkan apa yang dikatakan oleh data genetik virus tersebut kepada kita dan kesenjangan dalam pengetahuan tentang asal-usul wabah. Para penulis berspekulasi bahwa wabah New Coronavirus mungkin telah mengalami periode penularan “resesif” pada populasi sebelum wabah besar, dengan kasus-kasus awal pneumonia yang tidak diketahui karena infeksi tanpa gejala, ringan, atau sporadis hingga virus tersebut mengalami mutasi pada lokus-lokus kunci yang lebih baik dalam beradaptasi dengan inang manusia. Artikel tersebut juga menunjukkan bahwa virus corona baru mungkin merupakan virus rekombinan yang tingkat replikasi yang tinggi membuat tingkat mutasi tampak tidak signifikan, tetapi tetap harus ditanggapi dengan serius. Para penulis makalah tersebut meninjau penelusuran awal virus corona baru dan menunjukkan bahwa kecocokan urutan genetik yang paling dekat dengan virus corona baru sejauh ini adalah virus corona yang ditemukan pada kelelawar di Yunnan, lebih dari 1.500 kilometer dari Wuhan. “Kesimpulan sederhana dari hal ini adalah bahwa pengambilan sampel virus kelelawar kami sangat bias terhadap lokasi geografis tertentu. Hal ini perlu diperbaiki dalam penelitian selanjutnya.” Kata para penulis studi. Secara khusus, para penulis menekankan bahwa meskipun virus corona dari kelelawar Yunnan yang disebutkan di atas memiliki 96-97% kemiripan urutan dengan virus corona baru, hal ini mungkin mewakili lebih dari 20 tahun urutan evolusi. Artikel tersebut menyimpulkan bahwa “apa yang tidak dapat dikesampingkan adalah bahwa virus tersebut memperoleh beberapa mutasi kunci selama penularan ‘resesif’ dalam populasi sebelum pertama kali diidentifikasi pada Desember 2019.” Agar virus dapat berevolusi dengan sangat adaptif pada manusia, virus harus mendapatkan mutasi pada situs RBD (receptor binding region) utama, serta mutasi insersi pada situs eksisi protease Furin, yang merupakan keunikan dari virus corona baru. Para penulis berspekulasi bahwa virus ini mungkin telah beradaptasi dengan baik dengan inang manusia selama periode waktu tertentu sebelum wabah yang cepat dalam waktu singkat. Para penulis berpendapat bahwa selama periode awal penularan ‘laten’, ketika virus pertama kali diperkenalkan ke manusia, virus tersebut mungkin tidak terdeteksi karena infeksi tanpa gejala (hanya gejala pernapasan ringan tetapi tidak ada pneumonia) atau wabah kecil terlokalisasi yang tidak dilaporkan ke sistem standar. Dalam proses penularan dari manusia ke manusia yang sedang berlangsung, virus ini secara bertahap mengalami mutasi kunci, seperti situs pembelahan protease yang dijelaskan di atas, dan dengan demikian menjadi sepenuhnya beradaptasi dengan manusia. Untuk menguji validitas spekulasi ini, para peneliti percaya bahwa menelusuri kembali sampel dari pasien dengan gejala pernapasan sebelum Desember 2019 dapat membantu mengungkap misteri bagaimana virus menyebar secara “diam-diam”, tetapi juga meningkatkan kesulitan untuk melakukannya. Para penulis mengatakan, “Studi serologis atau makrogenomik retrospektif tentang infeksi pernapasan akan membantu menentukan apakah hal ini benar, meskipun kasus-kasus awal seperti itu mungkin tidak akan pernah terdeteksi.” Masalah lain yang menjadi perhatian besar yang dicatat dalam makalah tersebut adalah apakah virus corona baru adalah virus rekombinan. Peristiwa rekombinasi virus dapat mempercepat wabah besar dan oleh karena itu tidak boleh diremehkan. Namun, sulit untuk menentukan pola yang tepat dan asal genom dari peristiwa rekombinasi. “Terutama karena banyak daerah rekombinasi yang mungkin kecil dan mutasi kecil mungkin telah terjadi ketika kami mengambil sampel lebih banyak virus yang terkait dengan neo-mahkota.” Kata para penulis. Untuk mengatasi masalah ini, para penulis menyimpulkan bahwa perlu untuk mengambil sampel keanekaragaman virus pada populasi hewan secara lebih ekstensif lagi, tetapi ini akan sama sulitnya. “Sayangnya, kurangnya sampel hewan langsung dari pasar makanan laut Cina Selatan dapat berarti bahwa sulit, jika bukan tidak mungkin, untuk secara akurat mengidentifikasi inang hewan apa pun di lokasi ini.” Kata para penulis. Para penulis juga mendesak bahwa mengingat keragaman virus yang sangat besar di alam liar dan evolusinya yang sedang berlangsung, membatasi paparan kita terhadap patogen hewan sebanyak mungkin mungkin merupakan cara yang paling sederhana dan hemat biaya untuk mengurangi risiko wabah di masa depan. Tingkat mutasi virus yang rendah mungkin hanya ilusi Seiring dengan berkembangnya epidemi COVID-19, semakin banyak genom virus yang diurutkan. Para penulis berpendapat bahwa meskipun tingkat mutasi mahkota baru saat ini tampaknya rendah, hal ini mungkin tertutupi oleh tingkat replikasi virus yang tinggi pada inang. Masih belum jelas apakah kemampuan virus untuk bermutasi berperan dalam penularan dan virulensi virus, dan oleh karena itu perhatian berkelanjutan terhadap mutasi virus yang menyebabkan perubahan fenotipik diperlukan dalam konteks penularan yang meluas saat ini. Para penulis berpendapat bahwa sampel virus paling awal dari Wuhan mengandung lebih sedikit keragaman genetik dan bahwa semua sampel virus ini memiliki nenek moyang yang sama, yang dapat menghambat kesimpulan filogenetik dan filogeografi yang terperinci dari evolusi virus. Meskipun demikian, para penulis menyimpulkan bahwa Departemen Kesehatan Masyarakat Wuhan telah melakukan pekerjaan yang sangat baik dalam mengidentifikasi kasus-kasus pertama pneumonia. Para peneliti berpendapat bahwa meskipun akumulasi keragaman genetik berarti bahwa sekarang mungkin untuk mendeteksi kelompok filogenetik yang berbeda dari sekuens virus corona baru, sulit untuk menentukan dengan perbandingan genom saja apakah virus tersebut memperbaiki mutasi fenotipik yang penting saat menyebar melalui populasi global, dan klaim semacam itu akan membutuhkan validasi eksperimental yang cermat. Di sisi lain, mengingat tingkat mutasi virus RNA yang tinggi, para peneliti percaya bahwa lebih banyak mutasi akan muncul dalam genom virus. “Ini akan membantu kami melacak penyebaran virus corona baru. Namun, seiring dengan penyebaran epidemi, ukuran sampel sekuens kami mungkin sangat kecil dibandingkan dengan jumlah total kasus sehingga akan sulit untuk mendeteksi untaian penularan individu. Oleh karena itu, kehati-hatian harus selalu dilakukan ketika mencoba untuk menyimpulkan peristiwa penularan yang tepat. ” kata para penulis. Urutan genom lengkap pertama dari virus corona baru, dari pasien pneumonia tak dikenal yang dirawat di Wuhan pada akhir Desember, dirilis ke dunia oleh Profesor Yongzhen Zhang dan Holmes di situs web Open Virology pada awal Januari. Saat ini ada sekitar 200 sekuens genom virus corona baru yang tersedia untuk umum dari pasien di beberapa bagian dunia. Para penulis artikel tersebut juga mencatat bahwa dengan penyebaran neo-coronavirus yang cepat di seluruh dunia, referensi ke jumlah kasus yang dikonfirmasi harus dihindari karena infeksi ringan atau tanpa gejala sering kali tidak termasuk dalam hitungan dan jumlah kasus yang sebenarnya mungkin jauh lebih besar daripada yang dilaporkan. Selain itu, meskipun ketidakpastian ini mungkin tidak dapat diselesaikan tanpa investigasi serologis berskala besar, data saat ini menunjukkan bahwa tingkat morbiditas dan mortalitas penyakit neo-madu kemungkinan lebih tinggi daripada influenza musiman, tetapi lebih rendah daripada virus SARS dan MERS. Sumber konten: Firstrade