Dibandingkan dengan penyakit lain, pankreatitis akut yang parah memiliki keteraturan tertentu dalam perjalanannya. Keseluruhan perjalanan penyakit ini secara kasar dapat dibagi menjadi 3 fase. 1. Fase reaksi akut: dari onset hingga sekitar 2 minggu, ditandai dengan respons inflamasi sistemik, sering disertai dengan komplikasi utama seperti syok, sindrom gangguan pernapasan akut (ARDS), gagal ginjal akut dan ensefalopati pankreas. Selain nyeri perut dan distensi, ada juga gangguan fungsi organ lain di seluruh tubuh. Pasien mungkin mengalami demam, sesak napas, dispnea, denyut jantung yang cepat, penurunan tekanan darah atau bahkan syok, oliguria atau bahkan anuria, perdarahan gastrointestinal, mudah tersinggung, mengoceh atau bahkan koma. Sebagian pasien memerlukan intubasi trakea (insisi) dengan pernapasan yang dibantu ventilator, atau memerlukan terapi pemurnian darah, sementara yang lainnya memerlukan pembedahan darurat. Karena perkembangan penyakit itu sendiri, kondisi pasien masih bisa berangsur-angsur memburuk setelah masuk rumah sakit, dan bahkan mengalami kegagalan multi-organ, dan sejumlah kecil pasien mungkin meninggal selama tahap ini. 2. Fase infeksi sistemik: Setelah pasien melewati fase akut, kondisi sistemik berangsur-angsur membaik dan akan ada periode singkat “kondisi stabil”. Namun, pada titik ini, pasien tidak dapat dianggap sembuh dari pankreatitis. Pada saat ini, ada lebih banyak atau lebih sedikit komplikasi lokal di daerah peri-pankreas, seperti cairan peri-pankreas, infeksi nekrotik, abses peri-pankreas, dan perdarahan. Beberapa pasien tidak memerlukan perawatan khusus untuk komplikasi lokal dan dapat disembuhkan dengan penyerapan sendiri di bawah pengamatan yang ketat, beberapa pasien dapat disembuhkan dengan tusukan dan drainase, sementara beberapa pasien memerlukan operasi caesar untuk komplikasi seperti infeksi, abses, perdarahan dan fistula usus. Karena sifat khusus pankreatitis, pembilasan dan drainase terus menerus selama 1-2 bulan (atau bahkan lebih lama) biasanya diperlukan setelah operasi. Beberapa pasien dapat mengalami komplikasi seperti perdarahan, abses dan fistula usus setelah operasi, kadang-kadang membutuhkan beberapa kali perawatan bedah, dan beberapa pasien dapat mengalami infeksi jamur, kegagalan multi-organ atau bahkan kematian. 3. Infeksi residu stadium 3: setelah 2-3 bulan, manifestasi utama adalah malnutrisi umum dan adanya sisa nanah di retroperitoneum atau rongga perut. Tidak semua pasien memiliki 3 tahap, ada yang hanya memiliki tahap 1 dan ada yang memiliki tahap 2.