Karsinoma skuamosa biasanya diobati dengan obat yang ditargetkan, yang tidak terlalu efektif, tetapi sekarang ada beberapa obat yang ditargetkan yang baru saja dirilis yang dapat dicoba untuk karsinoma skuamosa, seperti anlotinib, yang dapat digunakan untuk pengobatan lini kedua karsinoma skuamosa paru sel kecil stadium lanjut, dan juga untuk karsinoma skuamosa kerongkongan dan bagian tubuh lainnya, yang mungkin juga efektif. Apatinib, yang sebelumnya digunakan, mungkin juga efektif untuk karsinoma skuamosa. Namun, dibandingkan dengan adenokarsinoma, jumlah obat yang ditargetkan untuk karsinoma skuamosa lebih sedikit. Secara umum, tergantung pada lokasi karsinoma skuamosa, pilihan pengobatan utama adalah pembedahan, yang dapat dikombinasikan dengan radioterapi dan kemoterapi. Sebagai contoh, jika pembedahan tidak memungkinkan, radioterapi saja dapat mengendalikan perkembangan kanker skuamosa di kerongkongan dan memperpanjang masa kelangsungan hidup.